rstoolbox.io.write_fasta¶

rstoolbox.io.write_fasta(df, seqID, separator=None, filename=None, split=False)¶

Writes fasta files of the selected decoys.

It assumes that the provided data is contained in a DesignFrame or a DataFrame.

Mandatory columns are:

Column Name	Data Content
description	Sequence identifier.
sequence_<seqID>	Sequence content.

In [1]: from rstoolbox.io import read_fasta, write_fasta
   ...: df = read_fasta("../rstoolbox/tests/data/*fa", multi=True)
   ...: print(write_fasta(df, "A"))
   ...: 
>2TEP:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE:A
AETVSFNFNSFSEGNPAINFQGDVTVLSNGNIQLTNLNKVNSVGRVLYAMPVRIWSSATGNVASFLTSFSFEMKDIKDYDPADGIIFFIAPEDTQIPAGSIGGGTLGVSDTKGAGHFVGVEFDTYSNSEYNDPPTDHVGIDVNSVDSVKTVPWNSVSGAVVKVTVIYDSSTKTLSVAVTNDNGDITTIAQVVDLKAKLPERVKFGFSASGSLGGRQIHLIRSWSFTSTLITTTRRS
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>2TEP:C|PDBID|CHAIN|SEQUENCE:A
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>2TEP:D|PDBID|CHAIN|SEQUENCE:A
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>3TP2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE:A
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>3TP2:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE:A
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When working with multiple seqID, one can select which ones to be printed; empty sequences will be skipped.

In [2]: from rstoolbox.io import read_fasta, write_fasta
   ...: df = read_fasta("../rstoolbox/tests/data/*fa", expand=True, multi=True)
   ...: print(write_fasta(df, "AC"))
   ...: 
>2TEP:A
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>2TEP:C
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Parameters:	df (Union[DesignFrame, DataFrame]) – Data content. seqID (str) – Identifier of the sequence of interest. separator (str) – Add seqID to sequence identifier through a particular string separator. If multiple seqID are provided, it defaults to :. filename (str) – Output file name. split (bool) – Split each fasta in a different file. filename first part of the filename is used as prefix, with a following enumeration.
Returns:	str - FASTA formated string.
Raises:	IOError: If filename exists and global option system.overwrite is not True. AttributeError: if there is no sequence information for chain seqID of the decoys.

Note

Depends on system.overwrite and system.output.

See also

read_fasta()